Bentrovati su OMI, la newsletter bisettimanale dell’Ossidante che latita da un po’ perché il sottoscritto è stato disarcionato dal Covid per qualche tempo; ma non temete, ora sono tornato per introdurvi a questo fine settimana con la consueta rassegna di spunti.

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Insofferenza per la doppia colonna

Iniziamo con un dubbio interessante di carattere generale: il paper scientifico è un formato obsoleto? C’è chi pensa di sì. Quand’è, infatti, l’ultima volta che ne avete stampato uno? E l’avete letto integralmente o eravate interessati giusto a qualche sezione specifica con abstract e conclusioni? Il paper è un formato che nasce per la carta stampata, ma che raramente è ormai fruito in questa maniera (per la gioia delle foreste): allo stesso tempo, consultarlo dagli e-reader è un incubo e quindi bisogna per forza ricorrere a schermi LCD di laptop, tablet e simili, che comportano un prolungamento delle ore spese davanti allo schermo per un’attività che potrebbe sottrarsi a questo sforzo ottico. Personalmente, non credo che il paper vada cestinato integralmente, ma ci sono aree della ricerca che beneficerebbero enormemente di un suo superamento, soprattutto quando si è in presenza di grosse moli di dati. Già oggi molta data science e/o fisica si fa su repository git, i cui risultati vengono solo riassunti su paper che hanno principalmente un valore simbolico per il lavoro stesso, ma non sono intesi come il vero medium per la condivisione di dati e metodi.

Sintesi

I terpeni sono molecole estremamente diffuse in natura, costituite da unità isopreniche che si combinano tra loro per mezzo di coniugazioni, ossidazioni e riarrangiamenti di vario genere.

Ispirandosi alle vie biosintetiche, i ricercatori dell’università di Chicago hanno sviluppato un approccio nuovo e più conciso dei precedenti alla sintesi totale di molti terpeni che prevede una iniziale dearomatizzazione dei fenoli seguita da svariati approcci ossidativi e/o di riarrangiamento.

Estendere il codice genetico

Il codice genetico descrive in che modo l’informazione debba essere tradotta in una sequenza amminoacidica. Il meccanismo di traduzione vero e proprio è dato dall’operare del ribosoma, che è capace di leggere i nucleotidi tripletta per tripletta ed interpretare le istruzioni fornendo una sequenza amminoacidica. Queste triplette sono dette codoni.

Poiché le basi azotate sono quattro (adenina, guanina, citosina e uracile/timina), i codoni possibili sono 4^3 = 64. Queste considerazioni sono il punto d’arrivo di numerosissime ricerche in biologia molecolare, anzi sono proprio la pietra miliare che ha determinato la nascita di questa disciplina. D’altro canto, riesce difficile non domandarsi come mai i codoni siano proprio dati da triplette di basi e non da serie di quattro o cinque unità. La vita sarebbe esistita anche con dei codoni più lunghi?

Un recente studio di MIT/Yale dimostra che sì, un codone più lungo è compatibile con la sopravvivenza, anche se contestualmente ribadisce la maggiore efficienza del sistema a triplette, cosa che giustificherebbe il vantaggio evolutivo. Qui l’approfondimento su Quanta Magazine.

Blu-ray; Red cells

Three-dimensional images of red blood cells sit on a surface — Credit: Guoan Zheng | Questi globuli rossi hanno un diametro di circa 8 µm

I ricercatori dell’Università del Connecticut sono riusciti a riproporre un lettore blu-ray per l’analisi di campioni microscopici, al fine di ottenere immagini ad alta risoluzione che, perché siano ottenute con un microscopio ottico, richiederebbero svariati interventi manuali di rifocalizzazione. Scanner high-tech capaci di automatizzare il lavoro sono disponibili sul mercato, ma a cifre piuttosto alte (50/300 mila dollari), quindi si è pensato di sfruttare la pticografia di Fourier per ricostruire l’immagine per via indiretta, elaborando con un algoritmo i dati ottenuti dai pattern di diffrazione che si ottengono dopo avere esposto il campione ad una luce incidente, in questo caso generata dal laser. Si tratta di un approccio (teorico) simile a quello della diffrattografia a Raggi X.

In questo caso, la rotazione del vano originariamente predisposto per il disco consente l’esposizione del campione a numerosi angoli di incidenza, consentendo di fatto risoluzioni comparabili a quelle di un microscopio 20x-46x.

Covid

Moderna è la prima azienda a proporre ad FDA ed EMA un vaccino (Spikevax) per uso pediatrico sotto ai 6 anni. Le dosi sono ridotte rispetto a quelle per adulti, ma è ridotta anche l'efficacia nella prevenzione del Covid sintomatico, che si attesta intorno al 40-50%.
Si è detto che Omicron fosse più trasmissibile ma meno severo; un enorme studio statunitense (al momento in preprint), condotto su oltre 130.000 persone, conclude che la “ridotta severità” fosse solo un fenomeno apparente dovuto all’influenza positiva delle campagne vaccinali e che Omicron sia intrinsecamente severa quanto le precedenti varianti.

In conclusione

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A proposito di Facebook, finalmente sono riuscito ad ottenere dalla piattaforma il tanto atteso cambio del nome, nonostante le consuete peripezie. Ma non mi lamento, si è trattato di piccolezze: c’è chi con Facebook ha più sfortuna, come dimostra questo piccolo racconto kafkiano uscito su Ibridamenti. Già che ci siamo, colgo la palla al balzo per anticipare un piccolo segreto a chiunque sia giunto qui sotto: proprio per Ibridamenti uscirà fra non molto una raccolta di saggi a cui ho avuto il piacere di partecipare con una cosa che ho scritto; anticipo solo che c’entra la Object Oriented Ontology e per il resto mi taccio e vi do appuntamento al prossimo numero.

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Ossidante Missiva Ipertestuale

OMI 008